Newer
Older
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
##########################################################################
## ic Shiny/R app server.R ##
## ##
## Author Grégoire Vincke http://www.uclouvain.be/gregoire.vincke ##
## For Statistical eLearning Tools http://sites.uclouvain.be/selt/ ##
## ##
## Licences : CC-BY for http://sites.uclouvain.be/selt/shiny/ic ##
## GPL for source code on http://github.com ##
##########################################################################
Sys.setlocale("LC_ALL", "fr_FR.UTF-8")#to be sure that accents in text will be allowed in plots
#initiate global counters
SP<-list()
SP$n.ic<-0
SP$n.ic.z.inc.mu<-0
SP$n.ic.z.noninc.mu<-0
SP$pc.ic.z.inc.mu<-0
SP$n.ic.t.inc.mu<-0
SP$n.ic.t.noninc.mu<-0
SP$pc.ic.t.inc.mu<-0
SP$l.n.ic<-list()
SP$l.pc.ic.z.inc.mu<-list()
SP$l.pc.ic.t.inc.mu<-list()
shinyServer(function(input, output) {
# Create a reactiveValues object, to let us use settable reactive values
rv <- reactiveValues()
# To start out, lastAction == NULL, meaning nothing clicked yet
rv$lastAction <- 'none'
# An observe block for each button, to record that the action happened
observe({
if (input$takeech != 0) {
rv$lastAction <- 'takeech'
}
})
observe({
if (input$reset != 0) {
rv$lastAction <- 'reset'
}
})
getech<-reactive({#créee n valeurs aléatoires N(0;1) quand input$takeech est implémenté (quand le bouton takeech est pressé)
#don't do anything until after the first button is pushed
if(input$takeech == 0)
return(NULL)
return(isolate({
#Now do the expensive stuff
rnorm(input$n)#créee n valeurs aléatoires N(0;1)
}))
})
getInputValues<-reactive({
v<-list()
v<-input #collect all inputs
return(v)
})
getComputedValues<-reactive({
cv<-list()#created empty computed values list
v<-getInputValues() # get all values of input list
cv$sx.dech<-v$sx/sqrt(v$n)#ecart-type de la distribution d'échantillonnage
cv$vx<-v$sx^2
cv$vx.dech<-cv$sx.dech^2
#Calcul de la densité maximale entre la distribution d'origine et celle d'échantillonnage
cv$dmx<-dnorm(v$mx,mean=v$mx,sd=v$sx)
cv$dmx.dech<-dnorm(v$mx,mean=v$mx,sd=cv$sx.dech)
if(v$seedech){
cv$maxdmx<-max(cv$dmx,cv$dmx.dech)
} else {
cv$maxdmx<-cv$dmx
}
cv$yaxislim<-cv$maxdmx+(cv$maxdmx*0.2)
# Calcul des valeurs des X pour tracer les polygones des distributions
z<-seq(-5,5,length=100)
cv$xr<-(z*v$sx)+v$mx #x pour tracer la distribution "réalité"
cv$xr.dech<-(z*cv$sx.dech)+v$mx #x pour tracer la distribution d'échantillonnage
cv$yr<-dnorm(cv$xr,mean=v$mx,sd=v$sx)
cv$yr.dech<-dnorm(cv$xr.dech,mean=v$mx,sd=cv$sx.dech)
# Tout ce qui est relatif à l'échantillon aléatoire prélevé dans la réalité
cv$ech.z<-getech()#créee n valeurs aléatoires N(0;1) quand input$takeech est implémenté (quand le bouton takeech est pressé)
if (rv$lastAction=='reset') {
cv$ech.z<-NULL
SP$n.ic<<-0
SP$n.ic.z.inc.mu<<-0
SP$n.ic.z.noninc.mu<<-0
SP$pc.ic.z.inc.mu<<-0
SP$n.ic.t.inc.mu<<-0
SP$n.ic.t.noninc.mu<<-0
SP$pc.ic.t.inc.mu<<-0
SP$l.n.ic<<-list()
SP$l.pc.ic.z.inc.mu<<-list()
SP$l.pc.ic.t.inc.mu<<-list()
}
cv$ech.exist<-length(cv$ech.z)#ne pas prendre n mais calculer le nombre de valeurs dans l'échantillon juste pour s'assurer qu'un échantillon a été créé = le bouton action a été poussé
cv$ech.x<-(cv$ech.z*v$sx)+v$mx
if(cv$ech.exist){
cv$ech.m<-mean(cv$ech.x)
cv$ech.sd<-sd(cv$ech.x)
cv$ech.m.z<-(cv$ech.m-v$mx)/v$sx
cv$ech.m.z.dech<-(cv$ech.m-v$mx)/cv$sx.dech
cv$ech.m.pvalue<-signif(1-pnorm(cv$ech.m.z),2)
cv$ech.m.pvalue.dech<-signif(1-pnorm(cv$ech.m.z.dech),2)
if(cv$ech.m.pvalue<0.001){
cv$ech.m.pvalue.text<-" <0.001"
} else {
cv$ech.m.pvalue.text<-cv$ech.m.pvalue
}
if(cv$ech.m.pvalue.dech<0.001){
cv$ech.m.pvalue.dech.text<-" <0.001"
} else {
cv$ech.m.pvalue.dech.text<-cv$ech.m.pvalue.dech
}
cv$ech.y.value<-0.30
cv$ech.y<-seq(cv$ech.y.value,cv$ech.y.value,length=cv$ech.exist)#liste des coordonnées y des points de l'échantillon
# Tout ce qui est relatif à la puissance, confiance, alpha, et beta
cv$alpha<-round(1-v$confidence,3)
cv$alpha.z<-round(qnorm(v$confidence),3)
cv$alpha.x<-(cv$alpha.z*v$sx)+v$mx
cv$alpha.y<-dnorm(cv$alpha.x, mean=v$mx, sd=v$sx)
cv$alpha.z.polygon<-seq(cv$alpha.z,5,length=100)
cv$alpha.x.polygon<-(cv$alpha.z.polygon*v$sx)+v$mx
cv$alpha.y.polygon<-dnorm(cv$alpha.x.polygon,mean=v$mx,sd=v$sx)
cv$confidence.z.polygon<-seq(-5,cv$alpha.z,length=100)
cv$confidence.x.polygon<-(cv$confidence.z.polygon*v$sx)+v$mx
cv$confidence.y.polygon<-dnorm(cv$confidence.x.polygon,mean=v$mx,sd=v$sx)
#Tout ce qui est relatif à l'IC àa la moyennes
cv$ic.z<-qnorm(1-cv$alpha/2)
cv$ic.t<-qt(1-cv$alpha/2,v$n-1)
cv$ic.z.limit.inf<-mean(cv$ech.x)-cv$ic.z*cv$sx.dech
cv$ic.z.limit.sup<-mean(cv$ech.x)+cv$ic.z*cv$sx.dech
cv$ic.t.limit.inf<-mean(cv$ech.x)-cv$ic.t*(cv$ech.sd/sqrt(v$n))
cv$ic.t.limit.sup<-mean(cv$ech.x)+cv$ic.t*(cv$ech.sd/sqrt(v$n))
SP$n.ic<<-SP$n.ic+1
if(v$mx >= cv$ic.z.limit.inf && v$mx <= cv$ic.z.limit.sup){
SP$n.ic.z.inc.mu<<-SP$n.ic.z.inc.mu+1
cv$ic.z.color<-rgb(0,0.7,0,0.5)#'lightgreen'
cv$ic.z.density<-10
} else {
SP$n.ic.z.noninc.mu<<-SP$n.ic.z.noninc.mu+1
cv$ic.z.color<-rgb(1,0,0,0.5)#'indianred1'
cv$ic.z.density<-25
}
if(v$mx >= cv$ic.t.limit.inf && v$mx <= cv$ic.t.limit.sup){
SP$n.ic.t.inc.mu<<-SP$n.ic.t.inc.mu+1
cv$ic.t.color<-rgb(0,0.7,0,0.5)#'lightgreen'
cv$ic.t.density<-10
} else {
SP$n.ic.t.noninc.mu<<-SP$n.ic.t.noninc.mu+1
cv$ic.t.color<-rgb(1,0,0,0.5)#'indianred1'
cv$ic.t.density<-25
}
SP$pc.ic.z.inc.mu<<-round(SP$n.ic.z.inc.mu/SP$n.ic,4)
SP$pc.ic.t.inc.mu<<-round(SP$n.ic.t.inc.mu/SP$n.ic,4)
SP$l.n.ic<<-c(SP$l.n.ic,list(SP$n.ic))
SP$l.pc.ic.z.inc.mu<<-c(SP$l.pc.ic.z.inc.mu,list(SP$pc.ic.z.inc.mu))
SP$l.pc.ic.t.inc.mu<<-c(SP$l.pc.ic.t.inc.mu,list(SP$pc.ic.t.inc.mu))
}
return(cv)
})
output$plotReality <- renderPlot({
v<-getInputValues()
cv<-getComputedValues()
#par(mfrow=c(3,1))
##################
## Plot Reality ##
##################
par(mai=c(0.5,1,0.2,1))
plot(c(0),c(0),type="l",lty=1,lwd=1,col="black",yaxt="n",bty="n",las=1,xaxs="i",yaxs="i",cex.lab=1,cex.axis=1,xlim=c(0,100),ylim=c(0,cv$yaxislim),ylab="density",xlab="",xaxp=c(0,100,20)) #trace une courbe a partir de tous les couples x;y, et la colore en rouge. bty : A character string which determined the type of box which is drawn about plots. If bty is one of "o" (the default), "l", "7", "c", "u", or "]" the resulting box resembles the corresponding upper case letter. A value of "n" suppresses the box. xaxt="n" = pas dessiner axe des x
if(v$seedor){
polygon(cv$xr,cv$yr)
text(0,signif(cv$maxdmx,1)*0.9,labels=bquote(paste("Distribution d'origine :" ,sep='')),cex=1, pos=4)
lines(x<-c(1,3),y <- c(signif(cv$maxdmx,1)*0.825,signif(cv$maxdmx,1)*0.825),lty=1,type="l",col="black")
text(3,signif(cv$maxdmx,1)*0.8,labels=bquote(paste(N *"~"* ( mu *","* sigma^2 ) ," ", N *"~"* (.(v$mx)*","*.(cv$vx)) ,sep='')),cex=1, pos=4)
}
if(v$seedech){
polygon(c(-5,cv$xr.dech),c(0,cv$yr.dech),lty=3)
text(0,signif(cv$maxdmx,1)*0.5,labels=bquote(paste("Distribution d'échantillonnage : ",sep='')),cex=1, pos=4)
lines(x<-c(1,3),y <- c(signif(cv$maxdmx,1)*0.375,signif(cv$maxdmx,1)*0.375),lty=3,type="l",col="black")
text(3,signif(cv$maxdmx,1)*0.35,labels=bquote(paste(N *"~"* ( mu *","* frac(sigma^2,n) ) ," ", N *"~"* (.(v$mx)*","*.(signif(cv$vx/v$n,2))) ,sep='')),cex=1, pos=4)
}
axis(2,las=2,yaxp=c(0,signif(cv$maxdmx,1),4))
if(v$seemu){
lines(x<-c(v$mx,v$mx),y <- c(0,cv$maxdmx),lty=1,lwd=1)
text(v$mx,cv$maxdmx*1.05,labels=bquote(mu),cex=1)
}
if(cv$ech.exist){
#points(cv$ech.x,cv$ech.y)
m.ech.z.y.delta<-0.7#1.05
m.ech.t.y.delta<-0.35#1.05
rug(cv$ech.x,lwd=2)
text(cv$ech.m,cv$maxdmx*1.05,labels=bquote(bar(x)),cex=1)#,pos=2
lines(x<-c(cv$ech.m,cv$ech.m),y <- c(0,cv$maxdmx),lty=2,lwd=1)
if(v$seeicvarknown){
text(99,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,labels=bquote(paste("IC",.(v$confidence*100)," pour ",sigma^2," connue : [",.(round(cv$ic.z.limit.inf,2)),";",.(round(cv$ic.z.limit.sup,2)),"]",sep="")),cex=1,pos=2)
text(99,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*0.75,labels=bquote(paste("%IC couvrant ",mu," = ",frac(.(SP$n.ic.z.inc.mu),.(SP$n.ic))," = ",.(SP$pc.ic.z.inc.mu*100),"%",sep="")),cex=1,pos=2)
polygon(c(cv$ic.z.limit.inf,cv$ic.z.limit.inf,cv$ic.z.limit.sup,cv$ic.z.limit.sup),c(cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*-0.1,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*0.1,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*0.1,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*-0.1),col=cv$ic.z.color)#,density=cv$ic.z.density
text(cv$ech.m,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,labels=bquote(bar(x)),cex=1)#,pos=2
lines(x<-c(cv$ech.m,cv$ech.m),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta),lty=2,lwd=1)
if(v$seeiconx){
lines(x<-c(cv$ic.z.limit.inf,cv$ic.z.limit.inf),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta),lty=4,lwd=1)
lines(x<-c(cv$ic.z.limit.sup,cv$ic.z.limit.sup),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta),lty=4,lwd=1)
}
text(cv$ic.z.limit.inf,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,labels="[",cex=2)#col=cv$ic.z.color
text(cv$ic.z.limit.sup,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,labels="]",cex=2)#,col=cv$ic.z.color2
lines(x<-c(cv$ic.z.limit.inf,cv$ech.m-1),y <- c(cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta),lwd=2,lty=2)
lines(x<-c(cv$ech.m+1,cv$ic.z.limit.sup),y <- c(cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta,cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta),lwd=2,lty=2)
}
if(v$seeicvarunknown){
text(99,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,labels=bquote(paste("IC",.(v$confidence*100)," pour ",sigma^2," inconnue : [",.(round(cv$ic.t.limit.inf,2)),";",.(round(cv$ic.t.limit.sup,2)),"]",sep="")),cex=1,pos=2)
text(99,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta*0.5,labels=bquote(paste("%IC couvrant ",mu," = ",frac(.(SP$n.ic.t.inc.mu),.(SP$n.ic))," = ",.(SP$pc.ic.t.inc.mu*100),"%",sep="")),cex=1,pos=2)
polygon(c(cv$ic.t.limit.inf,cv$ic.t.limit.inf,cv$ic.t.limit.sup,cv$ic.t.limit.sup),c(cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*-0.1,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*0.1,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*0.1,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta+cv$maxdmx*m.ech.z.y.delta*-0.1),col=cv$ic.t.color)#,density=cv$ic.t.density
text(cv$ech.m,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,labels=bquote(bar(x)),cex=1)#,pos=2
lines(x<-c(cv$ech.m,cv$ech.m),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta),lty=2,lwd=1)
if(v$seeiconx){
lines(x<-c(cv$ic.t.limit.inf,cv$ic.t.limit.inf),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta),lty=4,lwd=1)
lines(x<-c(cv$ic.t.limit.sup,cv$ic.t.limit.sup),y <- c(0,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta),lty=4,lwd=1)
}
text(cv$ic.t.limit.inf,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,labels="[",cex=2)#,pos=2,col=cv$ic.z.color
text(cv$ic.t.limit.sup,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,labels="]",cex=2)#,pos=2,col=cv$ic.z.color
lines(x<-c(cv$ic.t.limit.inf,cv$ech.m-1),y <- c(cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta),lwd=2,lty=2)
lines(x<-c(cv$ech.m+1,cv$ic.t.limit.sup),y <- c(cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta,cv$maxdmx*m.ech.t.y.delta),lwd=2,lty=2)
}
}
}, height = 250)
output$plotSample <- renderPlot({
v<-getInputValues()
cv<-getComputedValues()
#par(mfrow=c(3,1))
#par(mai=c(0.2,1,0.2,1))
if(cv$ech.exist){
########################
## Plot sample values ##
########################
values.labels.y<-0.55
values.lines.y<-0.625
par(mai=c(0,1,0,1),bty="n")#,pin=c(11,0.3)
plot(cv$ech.x,cv$ech.y,pch=23,cex=1,lty=2,lwd=1,col="black",bty="n",las=1,xaxs="i",yaxs="i",cex.lab=1,cex.axis=1,xlim=c(0,100),ylim=c(0,0.50),ylab="",xlab="",xaxp=c(0,100,20), xaxt="n", yaxt="n") #trace une courbe a partir de tous les couples
#axis(2,las=2,yaxp=c(0,0.40,4))
text(1,cv$ech.y.value,labels="Echantillon",cex=1,pos=4)
text(99,cv$ech.y.value,labels=bquote(bar(x) == .(round(cv$ech.m,2))),cex=1.25,pos=2)
# text(cv$ech.m,cv$ech.y.value+0.10,labels=bquote(bar(x)),cex=1)#,pos=2
# text(cv$ic.z.limit.inf,cv$ech.y.value+0.10,labels="[",cex=1)#,pos=2
# text(cv$ic.z.limit.sup,cv$ech.y.value+0.10,labels="]",cex=1)#,pos=2
# lines(x<-c(cv$ic.z.limit.inf,cv$ech.m-1),y <- c(cv$ech.y.value+0.10,cv$ech.y.value+0.10),lwd=0.5)#lty=4,
# lines(x<-c(cv$ech.m+1,cv$ic.z.limit.sup),y <- c(cv$ech.y.value+0.10,cv$ech.y.value+0.10),lwd=0.5)#lty=4,
#lines(x<-c(cv$ic.z.limit.sup,cv$ic.z.limit.sup),y <- c(cv$ech.y+0.15,0.5),lty=4,lwd=1)
boxplot(cv$ech.x,horizontal = TRUE,add = TRUE,at = 0.1, boxwex = 0.3, xaxt="n", yaxt="n")#, xaxt="n", yaxt="n"
}
}, height = 50)
output$plotPercent<- renderPlot({
v<-getInputValues()
cv<-getComputedValues()
if(v$seeicpcevolution){
###########################
## Plot % IC including µ ##
###########################
if(cv$ech.exist){
if(SP$n.ic<20){
SP$n.ic.lim<-20
} else {
SP$n.ic.lim<-SP$n.ic
}
} else {
SP$l.n.ic<-c(0)
SP$n.ic.lim<-20
SP$l.pc.ic.z.inc.mu<-c(0)
SP$l.pc.ic.t.inc.mu<-c(0)
}
par(mai=c(0.5,1,0.2,1))
plot(SP$l.n.ic,SP$l.pc.ic.z.inc.mu,type="l",lwd=1,col="black",yaxt="n",bty="n",las=1,xaxs="i",yaxs="i",cex.lab=1,cex.axis=1,ylim=c(0,1),ylab=bquote(paste("%IC couvrant ",mu,sep="")),xlab="",xaxp=c(0,SP$n.ic.lim,SP$n.ic.lim),xlim=c(0,SP$n.ic.lim))#xlim=c(0,100),xaxp=c(0,100,20),type="l",
axis(2,las=2,yaxp=c(0,1,2))
lines(x<-c(0,SP$n.ic.lim),y <- c(v$confidence,v$confidence),lty=3)
text(SP$n.ic.lim*0.01,v$confidence*0.95,expression(1-alpha),pos=4)
#legend(1,0.25,c(bquote(paste("%IC couvrant ",mu," quand ",sigma^2," est connue ",sep="")),bquote(paste("%IC couvrant ",mu," quand ",sigma^2," est inconnue ",sep=""))))
text(SP$n.ic.lim*0.05,0.20,labels=bquote(paste(sigma^2," connue ",sep="")),cex=1,pos=4)#"%IC couvrant ",mu," quand ",
lines(x<-c(SP$n.ic.lim*0.01,SP$n.ic.lim*0.04),y <- c(0.20,0.20),lty=1,type="l",col="black",lwd=1,las=1)
if(v$seeicvarunknown){
lines(SP$l.n.ic,SP$l.pc.ic.t.inc.mu,type="l", lwd=1,lty=2)
text(SP$n.ic.lim*0.05,0.10,labels=bquote(paste(sigma^2," inconnue ",sep="")),cex=1,pos=4)#"%IC couvrant ",mu," quand ",
lines(x<-c(SP$n.ic.lim*0.01,SP$n.ic.lim*0.04),y <- c(0.10,0.10),lty=2,type="l",col="black",lwd=1)
}
}
}, height = 250)
})